و اگر او آینه تمام نمای تواضع نبود، شاگرد او علامه طباطبائی تندیس تواضع نمی شد که این سیرت پارسایان است: « و مشیهم التواضع »
یکی از بزرگان می فرمود:
آیت الله حسینقلی همدانی را در خواب دیدم پرسیدم آیا استاد ما سید علی آقا قاضی انسان کامل است؟
ایشان فرمود: آن انسان کامل که تو در نظر داری نیست.
این مسأله را به خود مرحوم قاضی عرض کردم. ایشان در جلسه درس این رؤیا را نقل کردند، ایشان با آن همه مقامات به شاگردانش می گوید:
« من لنگه کفش انسانهای کامل هم نمی شوم! »
تا آخر عمرشان کلمه ای از ایشان صادر نشد که صراحت در هیچ مقام و منزلی داشته باشد.
خانم سیده فاطمه قاضی در این باره می گوید:
ایشان خودشان را خیلی کم می گرفت خیلی می گفتند:
« من چیزی بلد نیستم،
حتی وقتی بچه ها یا نوه ها به ایشان می گفتند آیت الله، می گفت:
نه نه من آیت الله نیستم. »
خیلی خودش را پایین می دانست. اصلاً عجیب بود، بیشتر هم مشغول نماز و دعا و راهنمایی شاگردانش بود.
و به ما می گفت همین ها برای آدم می ماند، چیز دیگری نمی ماند یا اگر کسی برای ایشان هدیه و پیش کشی می فرستاد می گفت:
« ببر بده به فلانی، به من نده! »
اصلاً دنبال هیچ چیز نبود. او تا آخر عمر خود را هیچ می دانست و همیشه می فرمود:
« من هیچی ندارم »
و آن قدر متواضع است و خود را کم و دست خالی می داند که به سید هاشم که به ایشان عشق و ارادت می ورزد می گوید:
« من به تو و همه شماهایی که می آیید این جا می گویم که من هم یکی هستم مثل شما. از کجا معلوم شما چند نفر در کار من مبالغه نمی کنید! و روز قیامت اون جاسم جاروکش کوچه ها رد شود و به بهشت برود و من هنوز در آفتاب قیامت ایستاده باشم. »
در مجلس روضه ابا عبدالله علیه السلام خودش کفش های مهمانان امام حسین علیه السلام را جفت کرده و آن ها را تمیز می کند بدون توجه به آن ها که خرده می گیرند که آدم بزرگ نباید چنین کاری بکند.
آیت الله سید ابوالقاسم خوئی می فرمود:
« من هر وقت می رفتم مجلس آقای قاضی، کفش هایم را می گذاشتم زیر بغلم که مبادا کفشم آن جا باشد و آقای قاضی بیاید آن را تمیز یا جفت کند. »
در خاطره ای دیگر، سید عبدالحسین قاضی( نوه ایشان) نقل می کند:
« یکی از خویشاوندان مرحوم قاضی و سید محسن حکیم فوت می کند. جنازه او را وارد صحن مطهر امام می کنند تا بر آن نماز بخوانند.
در نجف مرسوم است که از بزرگی که در تشییع جنازه حضور دارد می خواهند که بر جنازه نماز بخواند. در آن زمان آیت الله حکیم جوان بودند و مرحوم قاضی چه از نظر سن و چه از نظر مقام بالاتر بودند.
خانواده شخصی که فوت شده بود رو به مرحوم قاضی می کنند و از ایشان درخواست می کنند که بر جنازه نماز بخوانند اما مرحوم قاضی رو به آقای حکیم می کنند و می گویند:
« شما بفرمایید نماز را بخوانید. اگر من نماز بخوانم کسی من را نمی شناسد و به من اقتدا نمی کند و ثوابی که قرار است به این شخص که مرحوم شده برسد، کم می شود، اما اگر شما نماز بخوانید. مردم شما را می شناسند و افراد بیشتری به شما اقتدا می کنند و ثواب بیشتری به این فرد می رسد. »
باز تأکید می کنم که این اتفاق زمانی افتاده که آقای حکیم خیلی جوان بوده و مرحوم قاضی در اواخر سن شریفشان بوده اند و پدربزرگم آقای سید محمد علی حکیم این ماجرا را که خود شاهد آن بوده است برای ما نقل کرده اند.
روزی صاحب خانه وسائلش را از خانه بیرون می ریزد می گوید:
« خدا گمان کرده ما هم آدمیم! »
او آن قدر در نفی خود و انانیتش کوشیده و از جلب نظر و توجه دیگران دور شده که از چشم خود نیز پنهان مانده!
دخترش در مورد او چنین می گوید:
« پدر ما خودش را خیلی پایین می دانست و وقتی شاگردانشان می آمدند می گفتند: من خوشم نمی آید بگویید من شاگرد فلانی هستم.
در مجالسی که در منزل می گرفتند بالای مجلس نمی نشستند و می گفتند آن جا جای مهمانان است و وقتی با شاگردانشان راه می رفتند، پدرم عقب همه آنها راه می رفت و هر چه می گفتند: آقا شما جلو باشید، می گفتند:
نه من عقب می آیم، شما جلو بروید. »
آیت الله کاشانی نقل کردند:
زمانی که عده ای از ایران خدمتشان می رسند و می گویند که ما از شما مطالبی شنیدیم و تقلید می کنیم، گریه می کنند، دستشان را بالا می برند و می فرمایند:
« خدایا تو می دانی که من آن نیستم که این ها می گویند و بعد می فرمایند که شما بروید از آیت الله سید ابوالحسن اصفهانی تقلید کنید. »
و این همان اوصافی است که امیرالمؤمنین علیه السلام در وصف عارفان مکتبش می فرماید:
لا یرضون من اعمالهم القلیل و لا یستکثرون الکثیر فهم لا نفسهم متهمون و من أعمالهم مشفقون إذا زکی احدهم خاف مما یقال له فیقول: أنا أعلم بنفسی من غیری، و ربی اعلم بی من نفسی، اللهم لا تؤاخذنی بما یقولون، واجعلنی أفضل مما یظنون، واغفرلی مما لا یعلمون.
از کردار اندک خود خرسندی ندارند، و طاعت های فراوان را بسیار نشمارند، پس آنان خود را متهم شمارند و از کرده های خویش بیم دارند. و اگر یکی از ایشان را بستایید، از آن چه ـ درباره او ـ گویند بترسد، و گوید: من خود را بهتر از دیگران می شناسم و خدای من مرا از خودم بهتر می شناسد، بار خدایا! مرا مگیر بدان چه بر زبان می آورند، و بهتر از آنم کن که می پندارند و بر من ببخشای آن را که نمی دانند. »
از نشانه های  دیگر تواضع و فروتنی مرحوم قاضی قضیه اقتدای ایشان به شاگرد خود یعنی آیت الله بهجت(حفظه الله) می باشد که آقازاده مرحوم آیت الله آقا ضیاء الدین آملی این جریان را این گونه نقل کردند:
« روزی من و پدرم به محضر آیت الله العظمی بهجت رسیدیم و جمعی در آنجا حاضر بودند، پدرم در آنجا گفتند که قضیه ای را نقل می کنم و می خواهم که از زبان خودم بشنوید و بعد از آن نگوئید که از خودش نشنیدیم، و آن اینکه:
« من با چشم خودم دیدم که در مسجد سهله یا کوفه( تردید از ناقل است) مرحوم قاضی به ایشان اقتدا نموده بودند. »
و با توجه به اینکه تولد معظم له سال 1334 هجری قمری است و سال 1348 هـ ق به کربلای معلی مشرف و در سال 1352 هـ ق به نجف اشرف مشرف شدند و سال رجعت ایشان به ایران سال 1364 هـ ق بوده است، پس سن ایشان در آن هنگام حدود سی سال بوده است. »
هیچ گاه در صدر مجلس نمی نشست و با شاگردانش هم که بیرون می رفت جلو راه نمی رفت، و آن گاه که در منزل، شاگردان و مهمانان سراغشان می آمدند برای همه به احترام می ایستاد.
آیت الله سید عباس کاشانی در این باره می فرماید:
من آن موقع سن کمی داشتم، ولی ایشان اهل این حرف ها نبود. بچه های کم سن و سال هم که به مجلسشان می آمدند بلند می شدند و هر چه به ایشان می گفتند اینها بچه هستند، می فرمودند:
« خوب است بگذارید این ها هم یاد بگیرند. »
آیت الله نجابت نقل می کردند:
« او آن قدر مبادی آداب است که وقتی در منزل مهمان دارد برای خواندن نماز اول وقتش از او اجازه می گیرد. »